Bu bazilika, Fransisken tarikatının kurucusu Assisili Francesco'nun 1226 yılında öldükten sonra onun anısına, o dönemin Fransisken başkanı (general minister) Cortonalı Elias tarafından inşa ettirilir. Ancak bu yapının inşa edilmesiyle alakalı oldukça ironik bir durum var. Çünkü Fransiskenler katı bir apostolik yoksulluk düşüncesi üzerine ortaya çıkmışlardır ve herhangi bir mal varlığına sahip olmaları yasaktır. Dolayısıyla, kurucularının kemiklerini sızlatmak ister gibi onun anısına görkemli bir bina inşa ettirmeleri oldukça gülünçtür. Nitekim bazilika inşa edildikten sonra tarikat içerisinde bazı isimlerin de tepkisini çekmiştir. (Hatta bu bazilikanın inşasından sorumlu Cortonalı Elias -çok başka sebeplerden de dolayı- tarikat başkanlığından alınmış ve ilerleyen süreçte papalık tarafından aforoz edilmiştir. En nihayetinde de kilise tarafından deccal olarak görülen II. Friedrich'in yanına sığınmıştır.) Bu adamlar herhangi bir mal varlığına sahip olamıyorlarsa koca binayı oraya nasıl dikiyorlar peki? Tabii ki papadan yardım alarak. Tüm masrafı Papa Dokuzuncu Gregorius kilise hazinesinden karşılamayı kabul ediyor. Francesco bazilikanın özellikle şimdiki halini görse kesinlikle aklını kaçırırdı.