Bilimsel makale yazarları için en büyük zorluk, özellikle uzun yıllara yayılan bir araştırma çalışmasında, titiz bir not tutma disiplinini sürdürebilmektir. Çalışmaya başka araştırmacıların da dahil olduğu durumlarda ise, notları daha da düzenli tutmak ve kayıtları güncellemek gerekebilir. Metotlar ve Malzemeler bölümü, yazma sürecinde belki de en sıkıcı kısım gibi gelebilir, ancak bu bölümü tamamladıktan sonra genellikle geri kalan kısımlar daha akıcı bir şekilde ilerler. Öte yandan, Peter Review süreci açısından Metotlar ve Malzemeler bölümü, makalenin en kritik aşamasını oluşturur. Gönderilen makaledeki tutarsızlıklar veya eksiklikler, yeni deneyler yapılması gerektirebilir ki bu da araştırmacılar için zorlayıcı olabilir. Makaleyi tamamladıktan sonra tekrar laboratuvara veya araziye dönüp bu tür ek deneyler yapmak, zihinsel açıdan büyük bir meydan okumadır.