Foruma hoş geldin 👋, Ziyaretçi

Forum içeriğine ve tüm hizmetlerimize erişim sağlamak için foruma kayıt olmalı ya da giriş yapmalısınız. Foruma üye olmak tamamen ücretsizdir.

EcoRV

bullvar_katip

Administrator
Katılım
21 Mayıs 2024
Mesajlar
532,105
küçükresim|sağ|upright=0.91|EvoRV'in DNA tanıma dizisi. Yeşil çizgi kesme yerini gösteriyor. küçükresim|sağ|upright=0.91|DNA'yı kesen EcoRV. Protein gevşek şekilde DNA'ya bağlanır ve tanıma dizisini bulmak için taramaya başlar. Dizi bulununca EcoRV DNA'yı 50°'lik bir açı ile büker ve tanıma yerinden onu keser. [[Dosya:EcoRV Crystal Structure.rsh.png|küçükresim|upright=0.91|Çift iplikli DNA ile komplekslenmiş EcoRV'in kristal yapısı. Proteindeki alfa sarmallar kırmızı, beta yapraklar mavi, DNA pembe gösterilmiştir.]] küçükresim|sağ|DNA substratı (kırmızı ve mavi) ile kompleksleşmiş bir EcoRV homodimerinin (yeşil) şematik yapısı. Yukarıdaki resimle aynı olan bu yapı, farklı bir açıdan ve renklendirmeyle gösterilmektedir. Escherichia coli' den elde edilen bir kısıtlama enzimi olan EcoRV ("eco R beş" olarak telaffuz edilir), en iyi karakterize edilen endonükleazlardan biri olup palindromik (simetrik) dna dizilerini tanıyan ve genellikle homodimerler veya homotetramerler gibi davranan Tip IIP alt sınıfındadır. EcoRV enzimi, GATATC hedef bölgesini TA adımında merkezden ve kör uçlu bir şekilde bölen, Mg2 + ' ya bağımlı bir reaksiyonda 5′-fosfat grupları oluşturan dimerik bir tip II kısıtlama endonükleazdır. EcoRV, DNA boyunca gerçekleşen translokasyonda ATP'ye ihtiyaç duymayan tip II ailesinin en iyi çalışılmış restriksiyon enzimlerden biridir. ve özgüllük bakımından bu enzim, DNA bükülmesi öneminin keşfedilmesinde model olarak kullanılmıştır. EcoRV' nin , BstRI, CeqI, Eco32I, Ecol78I, HjaI, NanI, NflAI, NsiCI şeklindedir. Yapı EcoRV endonükleaz, 244 amino asit içerir ve “dimerizasyon alt alan” adı verilen küçük alt alan ile “DNA bağlanma alt alanı” adı verilen alanın da bulunduğu daha büyük bir alt alandan oluşan bir dimerdir. EcoRV, normalde kestiği diziyi içeren bir DNA molekülü ile beraber kristalleştirilmiştir. Bu kristal kullanılarak bu protein-DNA kompleksinin yapısı çözülmüştür. Enzimin çekirdek kısmı beş tane beta yaprak, bunların iki yanında da alfa sarmallar bulunmaktadır. Bu çekirdek bölge diğer tip II restriksiyon endonükleazlarına benzer. bir ikilenme (dimerizasyon) bölgesi vardır, bu bölge kısa bir α-sarmal, iki antiparalel β yaprak ve bir uzun α-sarmaldan oluşur. Bu bölge sadece EcoRV ve PvuII'de görülür. EcoRV, serbest enzim, bir spesifik olmayan ve iki spesifik kompleksle birlikte bir enzim-ürün kompleksinin yapı analizlerinin bulunduğu tek kısıtlama enzimidir. Etki mekanizması gibi EcoRV de bir homodimer (ikili) oluşturduktan sonra DNA'ya bağlanır ve tanıma dizisini keser. Enzim önce DNA'da herhangi bir yere zayıf şekilde bağlanır, sonra DNA üzerinde rastgele yürür, spesifik tanıma dizisini bulana kadar. Proteindeki rastgele bağlanma yeri ile kesme yeri farklıdır. EcoRV kendi tanıma dizisi için yüksek bir spesifiteye sahiptir. Enzim DNA üzerinde kayarken önce tanıma dizisinin dıştaki iki bazını (GAxxTC) tanır ve DNA'ya daha sıkı bağlanır, sonra eğer dizinin ortasındaki bazlar da doğruysa DNA eğrilir, proteinin bağlanması daha da sıkılaşır ve kesme meydana gelir. Enzimin dizisine bağlanması DNA'da şekilsel bir değişime yol açar, DNA 50° bükülür. Proteinin pozitif yükler bu bükülmeyi sağlamaktadır. DNA bölgesinde meydana gelen keskin bir bükülme ile fosfat, katalitik yan zincir (Asp90, Asp74, Lys92) ve iki değerlikli metal iyonların uygun bir şekilde yan yana gelmesi kolaylaşır. Aynı zamanda bükülmeyle DNA' nın TA aşamasındaki ana oluğun daralmasına sebep olarak enzimin fonksiyonel gruplarının bazlarla hidrojen bağları yapmasını engeller. DNA'nın bükülmesi bazların istiflenmesini bozar, küçük oluk açılır, büyük oluk sıkışır. Bu durum kesilecek fosfodiester bağını enzimin aktif bölgesine yaklaştırıp orada kesilmesini sağlar. Kesilme tanıma dizisi içinde gerçekleşir ve ATP gerektirmez. Enzimin aktif bölgesinde üç tane divalent metal iyonu bulunur. Bunlardan ikisi bir hidroksit iyonunu oluşturmaya yarar. EcoRV, protein etkisiyle DNA'da şekilsel bir değişiklik yapan tek tip II restriksiyon endonükleazdır. EcoRI ve EcoRV' nin spesifik komplekslerinin kristalografik analizi, bu iki enzimin katalitik bölgelerini tanımladı. Analiz sonucunda katalitik bölgeleri karşılaştırıldığında, yapı ve davranış açısından iki enzimin benzer olduğu bulundu. Kullanım EcoRV çoğunlukla gen klonlaması sırasında bir plazmid vektörü kesip içine araştırma konusu olan bir geni yerleştirmek için kullanılır. Moleküler klonlama, , , Southern lekeleme tekniği, Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi (RFLP), analizi uygulamalarında kullanılır. EcoRV, DNA' nın GAT^ATC bölgelerini uygun bir tamponda 37°C 'de keser. Bu enzim, pek çok imalatçı tarafından temin edilir, gerektiği biçimde çalışması için, enzimin stabilitesini artıran ve DNA preparasyonlarında bulunabilecek kontaminantları bağlayan inek serum albümini ile birlikte kullanılır. BSA tampon yerine Rekombinant Albümin (rAlbumin) içeren tamponla birlikte de kullanılmaktadır. Bu enzim temin edildikten sonra saklama koşulları oldukça önemlidir. -20°C sıcaklığında donmayan dondurucularda saklanması gerekir. Genetik EcoRV endonükleazının geni ve EcoRV ile aynı DNA dizisini tanıyan EcoRV metilazın genleri kromozomda birbirine bitişiktir, transkripsiyonları aynı bölgeden zıt yönlere doğru yapılır. Ayrıca bakınız , E. coliye ait bir diğer endonükleaz. , E. coliye ait başka bir endonükleaz.. , Flavobacterium okeanokoites'e ait bir nükleaz. , Bacillus amyloliquefaciens' e ait bir endonükleaz. PvuII, Proteus vulgaris' e ait bir endonükleaz. Kaynakça Kategori:EC 3.1.21 Kategori:Moleküler biyoloji Kategori:Bakteriyel enzimler Kategori:Restriksiyon enzimleri
 

Tema özelleştirme sistemi

Bu menüden forum temasının bazı alanlarını kendinize özel olarak düzenleye bilirsiniz.

Zevkine göre renk kombinasyonunu belirle

Tam ekran yada dar ekran

Temanızın gövde büyüklüğünü sevkiniz, ihtiyacınıza göre dar yada geniş olarak kulana bilirsiniz.

Izgara yada normal mod

Temanızda forum listeleme yapısını ızgara yapısında yada normal yapıda listemek için kullanabilirsiniz.

Forum arkaplan resimleri

Forum arkaplanlarına eklenmiş olan resimlerinin kontrolü senin elinde, resimleri aç/kapat

Sidebar blogunu kapat/aç

Forumun kalabalığında kurtulmak için sidebar (kenar çubuğunu) açıp/kapatarak gereksiz kalabalıklardan kurtula bilirsiniz.

Yapışkan sidebar kapat/aç

Yapışkan sidebar ile sidebar alanını daha hızlı ve verimli kullanabilirsiniz.

Radius aç/kapat

Blok köşelerinde bulunan kıvrımları kapat/aç bu şekilde tarzını yansıt.

Foruma hoş geldin 👋, Ziyaretçi

Forum içeriğine ve tüm hizmetlerimize erişim sağlamak için foruma kayıt olmalı ya da giriş yapmalısınız. Foruma üye olmak tamamen ücretsizdir.

Geri