İndirgenemez karmaşıklık, bilinçli bir tasarım fikrini savunanlarca *, tek bir temel görevi yerine getirmek için meydana gelmiş ve her biri bütünün işleyişinde kritik önemi haiz, karşılıklı etkileşim halindeki bileşenlerden oluşan sistemleri tanımlamak için kullanılır. Bu bileşenlerden herhangi birinin eksikliği sistemin tümden iş göremez hale gelmesine sebep olur. BT savunucuları, bu tür karmaşıklığa sahip organ ya da sistemlerin bileşenlerin ancak bir bütün halinde seçilimde avantaj sağlayabilecek bir niteliği öne çıkardıklarını, dolayısıyla da evrimin açıkladığı gibi yavaş yavaş, ufak değişikliklerle oluşamayacaklarını iddia ederler. Onlara göre, böyle sistemlerin ortaya çıkması ancak bir hedefe doğru, belirli bir yönde evrilmekle mümkündür ve bu ancak akıllı bir tasarımcı ile açıklanabilinir.
Klasik olarak kullanılan örnek omurgalı canlıların gözleridir. Göz, retinasından, merceğine, sinirlerin ve kan damarlarının yerleşim ve konumlarından onu dolduran sıvıya kadar, her biri sistemin çalışabilmesi için zaruri bileşenlerden oluşmuştur. Retinanın evrimi, ya da merceğin oluşumunun tek başına seçilimde bir avantaj sağlaması düşünülemez; göz ancak bütün parçaları ile birlikte ortaya çıkarsa bir avantaj sağlayabilir ve bu da doğal seçilimle açıklanamaz denmektedir.
Yine klasikleşmiş başka bir örnek bakterilerin hareket etmekte kullandıkları kamçıcıklarıdır*. BT fikrine gönül vermişler, işlevini görebilmesi kırk kadar proteinin bir arada çalışmasına bağlı olan bu sistemin doğal seçilimle evrilerek oluştuğu fikrine sıcak bakmamakta - sıcak bakmak bir yana, bunu imkansız görmekte; bahsi geçen proteinlerden herhangi birinin eksikliğinin kamçıcığı anlamsız kılacağını, dolayısıyla da kamçıcığın evrim teorisyenlerinin iddia ettikleri gibi bir seçilim baskısı ile meydana gelmiş olamayacağını iddia etmektedirler.
Klasik olarak kullanılan örnek omurgalı canlıların gözleridir. Göz, retinasından, merceğine, sinirlerin ve kan damarlarının yerleşim ve konumlarından onu dolduran sıvıya kadar, her biri sistemin çalışabilmesi için zaruri bileşenlerden oluşmuştur. Retinanın evrimi, ya da merceğin oluşumunun tek başına seçilimde bir avantaj sağlaması düşünülemez; göz ancak bütün parçaları ile birlikte ortaya çıkarsa bir avantaj sağlayabilir ve bu da doğal seçilimle açıklanamaz denmektedir.
Yine klasikleşmiş başka bir örnek bakterilerin hareket etmekte kullandıkları kamçıcıklarıdır*. BT fikrine gönül vermişler, işlevini görebilmesi kırk kadar proteinin bir arada çalışmasına bağlı olan bu sistemin doğal seçilimle evrilerek oluştuğu fikrine sıcak bakmamakta - sıcak bakmak bir yana, bunu imkansız görmekte; bahsi geçen proteinlerden herhangi birinin eksikliğinin kamçıcığı anlamsız kılacağını, dolayısıyla da kamçıcığın evrim teorisyenlerinin iddia ettikleri gibi bir seçilim baskısı ile meydana gelmiş olamayacağını iddia etmektedirler.