MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis

[bullvar_katip]

Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) (Türkçe: Moleküler Evrim Genetik Analizi) moleküler evrimin istatisitksel analizini yönetmek ve filogenetik ağaçlar oluşturmak için tasarlanmış bilgisayar programı. Filogeneomik ve filotıp için çok miktarda karmaşık method içerir. Sahipli ücretisiz yazılım olarak lisanslanmıştır. Proje Masatoshi Nei tarafında Pensilvanya Devlet Üniversitesinde başlatılmış olup, öğrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafından desteklenmiştir. Belli bir zaman sonra MEGA' nın yöneticiliği Kumar (şimdi Temple Üniversitesinde) ve Tamura'ya devir oldu (şimdi Tokyo Metropolitan Üniversitesinde). Milyonlarca indirilmesinin yanında MEGA 85,00 makalede referans gösterilmiştir. 5. versiyon, yani MEGA5, 4 yılda 25,000 kere referans gösterilmiştir. Sürüm geçmişi Özellikleri Sekans hizalama yapılandırması Hizalama editörü Çoklu dizi hizalaması Dizileyici dosya editör ve görüntüleyicisi Entegre web tarayıcısı ve dizi alıcıları Veri eldesi Belirsiz durumları eldesi: R, Y, T, vs. Bütün veri özelliklerini kaydetmek için genişletilmiş MEGA formatı Clustal, Nexus, vs. formatlarından veri çıkartılması Veri keşifçisi Alan gruplarının görsel speksifikleştirmesi Genetik kod tablo bölümü Kullanıcının belirlediği tabloları düzenleme-ekleme yap Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla Bildiğim bütün kod tablolarını içer Gerçek zamanlı başlık uzman motoru Uzaklık matrisleri, filogenler, testler ve hizalamalar için başlıklar oluştur. Başlıkları dış bir programa kopyala Entegre metin dosyası editörü Kolonal blok seçebilme ve düzenleme Satır numarası Dizlieri formatlama, tamalayıcı olanı ters çevirme vs yetenekleri Dizi veri görüntüleyici Veri çıkartma Vurgulama İstatiksel büyüklüklerin sunma Nükleotidyerdeğiştirme örneklerinin MCL-tabanlı belirlenmesi 4x4 oran matriksi Geçiş-transversiyon hız oranları: k1, k2 TGeçiş-transversiyon hız sapması: R Yerdeğiştirme örneklerinin homojenite testi İçerik uzaklığı Eşitsizlik indeksi Monte-carlo testi Uzaklığı belirleme metodları Nükleotid-Nükleotid Sinonim-Sinonim olmayan: kodon-kodon Protein uzaklığı Uzaklık hesaplamaları Dizi çeşitliliği hesaplamaları Varyans hesaplamaları Seçilim testleri Çok numune Z-testi Fisher’ın kesin testi Tajima’ın nötrallik testi Moleküler saat testi Tajima’nın yaklaşık oran testi Ağaç oluşturma metodları Komşu birleştirme Minimum evrim metodu UPGMA Maksimum bencillik Maksimum benzerlik Çizme atkısı filogeni testi Güven olasılığı testi Uzaklık matriksi görüntüleyicisi Ağaç keşifçileri Filogeni ekranı Ayrılma zamanının belirlenmesi Ağaç düzenleme Ağaç boyutunu değiştirme Çoklu ağaç görüntüleyebilme Dış bağlantılar MEGA sitesi (Japon kullanıcılar için) MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. (2008) Kumar S, Dudley J, Nei M & Tamura K. Briefings in Bioinformatics Vol.9, pages 299-306 Kaynakça