[[Dosya
rotein_backbone_PhiPsiOmega_drawing.svg|sağ|küçükresim| Bir proteinin moleküler modeli ana atom zinciri dihedral açılarını barındırır. ]] sol|küçükresim| İyonik sıvının modellemesi Moleküler modelleme, moleküllerin davranışını modellemek veya taklit etmek için kullanılan teorik ve bilgisayarlı tüm yöntemleri kapsar. Bu yöntemler, küçük kimya sistemlerinden büyük biyolojik moleküllere ve malzeme gruplarına kadar değişen moleküler sistemleri incelemek için bilgisayarlı kimya, ilaç tasarımı, bilgisayarlı biyoloji ve malzeme bilimi alanlarında kullanılmaktadır. En basit hesaplamalar elle yapılabilir, ancak kaçınılmaz olarak makul büyüklükteki herhangi bir sistemin moleküler modellemesini bilgisayarların yapması gerekir. Moleküler modelleme yöntemlerinin ortak özelliği, moleküler sistemlerin atom düzeyinde tanımlanmasıdır. Bu, atomları en küçük bireysel birim olarak muamele edilmesini (moleküler mekanik yaklaşımı) içerebilir veya protonları ve nötronları kuarkları, kuarkları, gluonlarıyla beraber ve elektronları da fotonlarıyla beraber (kuantum kimyası yaklaşımı) açıkça modellemeyi içerebilir. Uygulamalar Moleküler modelleme yöntemleri artık inorganik, biyolojik ve polimerik sistemlerin yapısını, dinamiklerini, yüzey özelliklerini ve termodinamiğini araştırmak için rutin olarak kullanılmaktadır. Moleküler modelleme kullanılarak araştırılan biyolojik aktivite türleri arasında protein katlanması, enzim katalizi, protein stabilitesi, biyomoleküler fonksiyonla ilişkili konformasyonel değişiklikler ve protein, DNA ve membran komplekslerinin moleküler tanınması yer alır. Notlar M. P. Allen, D. J. Tildesley, Computer simulation of liquids, 1989, Oxford University Press, . A. R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2001, D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications, 1996, D. C. Rapaport, The Art of Molecular Dynamics Simulation, 2004, R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms and Object-Orientation, 2002, K.I.Ramachandran, G Deepa and Krishnan Namboori. P.K. Computational Chemistry and Molecular Modeling Principles and Applications 2008 Springer-Verlag GmbH Dış bağlantılar Center for Molecular Modeling at the National Institutes of Health (NIH) (U.S. Government Agency) Molecular Simulation, details for the Molecular Simulation journal, ISSN 0892-7022 (print), ISSN 1029-0435 (online) The eCheminfo Network and Community of Practice in Informatics and Modeling Molecular Modelling Italian web portal Kategori:Hesaplamalı kimya Kategori:Biyoenformatik
rotein_backbone_PhiPsiOmega_drawing.svg|sağ|küçükresim| Bir proteinin moleküler modeli ana atom zinciri dihedral açılarını barındırır. ]] sol|küçükresim| İyonik sıvının modellemesi Moleküler modelleme, moleküllerin davranışını modellemek veya taklit etmek için kullanılan teorik ve bilgisayarlı tüm yöntemleri kapsar. Bu yöntemler, küçük kimya sistemlerinden büyük biyolojik moleküllere ve malzeme gruplarına kadar değişen moleküler sistemleri incelemek için bilgisayarlı kimya, ilaç tasarımı, bilgisayarlı biyoloji ve malzeme bilimi alanlarında kullanılmaktadır. En basit hesaplamalar elle yapılabilir, ancak kaçınılmaz olarak makul büyüklükteki herhangi bir sistemin moleküler modellemesini bilgisayarların yapması gerekir. Moleküler modelleme yöntemlerinin ortak özelliği, moleküler sistemlerin atom düzeyinde tanımlanmasıdır. Bu, atomları en küçük bireysel birim olarak muamele edilmesini (moleküler mekanik yaklaşımı) içerebilir veya protonları ve nötronları kuarkları, kuarkları, gluonlarıyla beraber ve elektronları da fotonlarıyla beraber (kuantum kimyası yaklaşımı) açıkça modellemeyi içerebilir. Uygulamalar Moleküler modelleme yöntemleri artık inorganik, biyolojik ve polimerik sistemlerin yapısını, dinamiklerini, yüzey özelliklerini ve termodinamiğini araştırmak için rutin olarak kullanılmaktadır. Moleküler modelleme kullanılarak araştırılan biyolojik aktivite türleri arasında protein katlanması, enzim katalizi, protein stabilitesi, biyomoleküler fonksiyonla ilişkili konformasyonel değişiklikler ve protein, DNA ve membran komplekslerinin moleküler tanınması yer alır. Notlar M. P. Allen, D. J. Tildesley, Computer simulation of liquids, 1989, Oxford University Press, . A. R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2001, D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications, 1996, D. C. Rapaport, The Art of Molecular Dynamics Simulation, 2004, R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms and Object-Orientation, 2002, K.I.Ramachandran, G Deepa and Krishnan Namboori. P.K. Computational Chemistry and Molecular Modeling Principles and Applications 2008 Springer-Verlag GmbH Dış bağlantılar Center for Molecular Modeling at the National Institutes of Health (NIH) (U.S. Government Agency) Molecular Simulation, details for the Molecular Simulation journal, ISSN 0892-7022 (print), ISSN 1029-0435 (online) The eCheminfo Network and Community of Practice in Informatics and Modeling Molecular Modelling Italian web portal Kategori:Hesaplamalı kimya Kategori:Biyoenformatik